PTCGOで最初に手に入るテーマデッキ３種類（火、水、雷）は不完全な状態（枚数が足りない）で、「Versus」では使用できません。
これらのテーマデッキを完成させるには「Trainer Challenge」で、デッキを使用して勝利する必要があります。
「Trainer Challenge」はCPUを倒すと次のCPUと戦うことができるモードです。
このモードの敵を一人倒すごとにデッキにカードが１枚追加されます。
※注意：同じデッキで同じ人物と対戦してもカードは追加されません。
１デッキにつき最大７枚のカードが手に入り、デッキが完成すると「Versus」など別のモードで使用できるようになります。
進行状況は画面下部のSelect Deckにある各デッキのメーターから確認することができます。
